Es importante saber que en cada unversidad tiene sus fuertes en una rama u otra dentro de la propia Ciencia Politica. Algunas son mejores en el campo de la Administración, otras en Teoría Política, otras en Relaciones Internacionales, etc.
Te lo digo porque en mi último año de carrera vinieron unos catalanes a clase y en las asignaturas de Teoría Política se notaba que destacaban, pero luego en la parte de gestión pública o en Relaciones Internacionales sí que es verdad que flojeaban más. Hablándolo pudimos comprobar que había más carga lectiva de una u otra rama en forma de asignaturas a lo largo de la carrera, así que ten en cuenta también ese aspecto analizando los planes de estudio (asignaturas y, si puedes, las guías docentes de las mismas) de cada universidad según tus preferencias, no solo cuál es mejor. Y también atento a que no solo estudies a Marx o Gunder Frank, sino que también a Heidegger o a Schmitt

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Y sobre la ideología que no cunda el pánico. Que en las universidades que dices a no ser que te metas en una clase con especímenes repugnantes como los del Hogar Social Madrid o Democracia Nacional, o seas uno de ellos, dudo que tengas problemas.