Si llevas sin formatear el Pc bastante tiempo lo mejor es salvar la información interesante en algún sitio y proceder con el formateo. Así matas 2 pájaros de un tiro, te quitas el engarrote de tu PC y lo vuelves a tener como nuevo casi.
+1.
No sería mala idea que formateases el ordenador, que de vez en cuando le viene bien. Aunque por lo que dices el problema es del disco duro, si no tienes mucha información podrías formatear el disco duro, y si lo tienes petado lo pasas al ordenador un momento mientras se formatea y luego vuelves a meter la info en el dd. Lo mismo funciona.